Прошла тысяча лет с тех пор, как Землю уничтожили Гауна – раса агрессивных пришельцев. Теперь выжившие люди странствуют по космосу на борту нескольких кораблей-городов. На нижнем уровне такого звездолёта – «Сидонии» – растёт мальчик Нагатэ Таникадзэ. Неожиданно военные замечают в нём талант к управлению боевыми машинами. И Нагатэ приходится сесть за штурвал одного из роботов, которых называют Стражами, и отправиться на войну с Гауна. Ценой невероятных усилий Таникадзэ и другим пилотам Стражей удается остановить угрожавший "Сидонии" астероид, управляемый Гауна. Тем временем ученый Отиай в теле Кунато продолжает свои эксперименты. Он забирает из лаборатории эну в облике Хосидзиро. Отиай задумал создать новое, невиданное оружие против Гауна, и для этого нужно оплодотворить яйцеклетку эны, создав гибрид человека и Гауна...