Прошла тысяча лет с тех пор, как Землю уничтожили Гауна – раса агрессивных пришельцев. Теперь выжившие люди странствуют по космосу на борту нескольких кораблей-городов. На нижнем уровне такого звездолёта – «Сидонии» – растёт мальчик Нагатэ Таникадзэ. Неожиданно военные замечают в нём талант к управлению боевыми машинами. И Нагатэ приходится сесть за штурвал одного из роботов, которых называют Стражами, и отправиться на войну с Гауна. Обитатели "Сидонии" продолжают защищаться от гигантских пришельцев Гауна. Четверка лучших пилотов корабля отправляется на боевой вылет, и среди них - Нагатэ Таникадзе, которому доверили управление легендарным Стражем "Цугумори". Чтобы спастись от преследования Гауна, капитан должен отдать команду совершить маневр экстренного ускорения, но это может повлечь жертвы среди населения корабля. Тем временем Нагатэ оказывается перед таким же нелегким выбором: рискую собственной жизнью, он пытается спасти девушку по имени Сидзука Хосидзиро, одного из первых друзей, которые появились у него на "Сидонии".